Ústav v Želiezovciach vznikol 18. decembra 1952. Zriadenie Nápravno-pracovného tábora v lokalite Želiezoviec bolo podmienené nedostatkom pracovných síl, hlavne v poľnohospodárskej oblasti. Ústav bol pôvodne dislokovaný na štyroch miestach. Základné oddelenie útvaru bolo na hospodárstve Karolína, kde sa nachádzali aj ubytovne príslušníkov. Jedno pobočné oddelenie vzniklo na hospodárstve Veľký Dvor, ďalšie v Nýrovciach. Štvrté oddelenie bolo v Belej pri Štúrove, kde boli umiestnení muži so zaradením do I. NVS. V spomenutých troch oddelenia ústavu sa zabezpečoval výkon trestu odňatia slobody odsúdených žien, ktoré si odpykávali tresty za kriminálne a protištátne trestné činy. Na oddelení Veľký Dvor boli umiestnené odsúdené za protištátnu trestnú činnosť, v Nýrovciach odsúdené za kriminálne trestné činy s dlhými trestami, na oddelení Karolína recidivistky. Odsúdené ženy pracovali v letnom období prevažne na štátnych majetkoch v rastlinnej a živočíšnej výrobe. Stráženie zabezpečovali príslušníci a členovia závodnej stráže. V roku 1956 boli zrušené pobočky Karolína a Nýrovce a bol utvorený jeden základný útvar na Veľkom Dvore.

V roku 1966 nastala v živote zariadenia významná zmena. Odsúdené ženy boli premiestnené a do ústavu boli zaradení muži na výkon trestu v I. NVS. Zo začiatku bolo ich pracovné zaradenie obdobné ako u žien, teda prevažne v poľnohospodárstve, postupne však boli zaraďovaní aj do stavebnej a priemyselnej výroby. V roku 1967 bola otvorená pobočka Jarok, ako experimentálne oddelenie pre výkon trestu odsúdených mužov za trestné činy spáchané z nedbanlivosti. Toto experimentálne oddelenie prvé svojho druhu v Československu bolo predchodcom dnešných otvorených oddelení. Napriek pozitívnym výsledkom bola pobočka Jarok v roku 1979 zrušená.

Ústav bol postupne orientovaný na vytváranie podmienok pre výkon trestu odňatia slobody odsúdených zaradených do II. nápravnovýchovnej skupiny, čo sa stalo skutočnosťou od roku 1987. 

Súčasná kapacita ústavu predstavuje 766 odsúdených mužov, z toho 701 odsúdených zaradených do stredného stupňa stráženia a 65 odsúdených zaradených do minimálneho stupňa stráženia v Otvorenom oddelení Sabová.

Na prelome rokov 1967 – 1968 bola zrealizovaná výstavba chaty v peknom prírodnom prostredí malých kúpeľov v obci Santovka. Využívaná bola ako Školiace stredisko Zboru väzenskej a justičnej stráže na rôzne odborné školenia príslušníkov zboru, na zdokonaľovacie kurzy, porady a na detské rekreácie počas prázdninového obdobia. Školiace stredisko Zboru väzenskej a justičnej stráže a Otvorené oddelenie so sídlom v Santovke bolo

k 31. decembru 2012 zrušené.

V období od 1. januára 2013 do 31.decembra 2014 bol objekt Santovka využívaný na detské rekreácie počas prázdninového obdobia. Po stavebných úpravách, ktoré boli realizované v roku 2012 bola ubytovacia kapacita objektu zmenená na 62 miest.

Dňa 1. januára 2015 bol objekt Santovka opätovne uvedený do prevádzky, bez zriadenia otvoreného oddelenia. S účinnosťou od 1. januára 2016 bolo rozkazom generálneho riaditeľa zriadené Školiace stredisko Zboru väzenskej a justičnej stráže, ktoré sa využíva na odborné školenia príslušníkov a zamestnancov zboru, rôzne kurzy a iné rezortné aktivity.

Aktuálna ubytovacia kapacita predstavuje 60 miest.

Od 1. januára 1999 bolo k ústavu rozkazom ministra spravodlivosti pričlenené Otvorené a polootvorené oddelenie Rimavská Sobota – Sabová, ktoré bolo ku dňu 31. júla 2006 zrušené.

S účinnosťou od 1. augusta 2006 bolo rozkazom generálneho riaditeľa zriadené Otvorené oddelenie Sabová s  ubytovacou kapacitou 79 odsúdených zaradených do minimálneho stupňa stráženia.

Aktuálna ubytovacia kapacita predstavuje 65 odsúdených zaradených do minimálneho stupňa stráženia.

Snahou vedenia ústavu nie je len zlepšovanie podmienok výkonu štátnej služby príslušníkov zboru a zamestnancov zboru v ústave, ale aj zlepšovanie sociálnej situácie ich rodín. V uvedenej oblasti ústav disponuje 12-bytovou jednotkou v Želiezovciach a 13-bytovou jednotkou v Rimavskej Sobote.