V roku 1932 bol odovzdaný do užívania celý justičný komplex, ktorého súčasťou bola aj terajšia budova väznice. Bola určená pre samoväzbu a časť ciel sa vyčlenila aj na spoločný výkon trestu odňatia slobody. Väznica plnila svoje poslanie až do roku 1955, kedy bola zrušená. V roku 1968 sa rozhodlo v pôvodných objektoch väznice zriadiť ústav. Tento zámer sa zrealizoval v apríli 1972. Až do dokončenia ústavu v Martine tu boli umiestnení mladiství z prešovského ústavu. Od roku 1976 až do roku 1990 si v ústave odpykávali trest odňatia slobody odsúdení zaradení do všetkých nápravnovýchovných skupín. V júni 2003 sa ústav znovu reprofiloval z výkonu trestu na výkon väzby. Trojposchodová budova sa za krátky čas prebudovala na cely pre 306 obvinených, 50 odsúdených v tzv. úschove a 35 odsúdených na zabezpečenie prevádzky ústavu. Ďalšou reprofiláciou ústavu v roku 2007 došlo ku zmene typu ústavu na kombinovaný ústav. Posledná zmena v štruktúre ústavu nastala v roku 2010, kedy k 31. januáru 2010 bol v ústave zrušený výkon väzby a ústav bol reprofilovaný na ústav na výkon trestu odňatia slobody.