Činnosť Zboru väzenskej a justičnej stráže riadi, organizuje, metodicky usmerňuje a kontroluje Generálne riaditeľstvo ZVJS. Vedie ho generálny riaditeľ, ktorý priamo riadi odbor kontroly a organizačno-právnych činností, odbor personálnych a sociálnych činností, odbor preventívno-bezpečnostnej služby, vikára a úrad ekumenickej pastoračnej služby. Priamym nadriadeným generálneho riaditeľa je minister spravodlivosti.

Generálnemu riaditeľovi priamo zodpovedajú dvaja námestníci generálneho riaditeľa a manažér riadenia projektov a informačných technológií. Námestník generálneho riaditeľa pre služobné veci riadi odbor ochrany, odbor výkonu väzby a výkonu trestu a odbor zdravotnej starostlivosti. Námestník generálneho riaditeľa pre ekonomické veci riadi odbor ekonomiky, odbor logistiky, odbor verejného obstarávania a odbor zamestnávania, výroby a odbytu. Manažér riadenia projektov a informačných technológií riadi odbor projektov a stratégií a odbor prevádzky bezpečnostných a informačných systémov.

Na Slovensku v súčasnosti pôsobí osem kombinovaných ústavov na výkon väzby a výkon trestu odňatia slobody: v Banskej Bystrici, Bratislave, Ilave, Leopoldove, Nitre, Košiciach, Prešove (s pobočkou v Sabinove) a Žiline a deväť ústavov špecializujúcich sa len na výkon trestu odňatia slobody: v Banskej Bystrici-Kráľovej, Dubnici nad Váhom, Hrnčiarovciach nad Parnou, Košiciach-Šaci, Ružomberku, Želiezovciach, Nitre-Chrenovej (pre ženy), Levoči (pre ženy) a Sučanoch (pre mladistvých a ženy). Tieto zariadenia dopĺňa nemocnica pre obvinených a odsúdených v Trenčíne a päť otvorených oddelení, ktoré sú organizačnou súčasťou jednotlivých ústavov.