Stará sedriálna väznica z roku 1884 už nevyhovovala potrebám väzenstva. Bola nevhodne postavená (na dnešnom Župnom námestí), postupne sa rozpadala a bola sústavne preplňovaná. Preto bolo v dvadsiatych rokoch minulého storočia rozhodnuté postaviť v Bratislave popri novej budove pre súdy (Justičný palác) aj novú väznicu. Budova väznice bola postavená v rokoch 1934 - 1936 na účely vyšetrovacej väzby v zadnom trakte Justičného paláca podľa pensylvánsko-panoptického vzoru v tvare kríža. Z kruhovej centrály budovy vychádzajú schodištia na tri poschodia, odkiaľ vedú chodby k jednotlivým celám. V dobe jej odovzdania do užívania (15. januára 1937) mala kapacitu 358 osôb. V priebehu rokov boli priestory väznice postupne rekonštruované, modernizované a novou výstavbou aj rozširované. Najväčšie zmeny sa uskutočnili v 70. - 80. rokoch 20. storočia. Z priestorov väznice sa presťahovala do novej administratívno-správnej budovy správa väznice. Doplnkovou výstavbou s prístavbami sa celý areál uzatvoril. Postavili sa nové priestory pre Generálne riaditeľstvo Zboru väzenskej a justičnej stráže, vyriešili sa sociálne potreby príslušníkov ústavu. V rokoch 1963 - 1969 ústav slúžil aj ako nápravnovýchovný ústav pre mladistvých mužov. Krátky čas tu pôsobilo i oddelenie súdno-psychiatrickej expertízy a vykonávali sa aj krátkodobé tresty odňatia slobody. V období rokov 2015 až 2018 prešiel ústav komplexnou rekonštrukciou, vďaka ktorej sa odstránil dlhodobo nepriaznivý technický stav objektov a zariadení ústavu a zároveň sa vytvorili vyhovujúce prevádzkovo-technické, dispozičné a bezpečnostné podmienky na zabezpečenie bezkolízneho chodu celého ústavu. Súčasne sa zlepšili aj ubytovacie podmienky väznených osôb.

Ústav má v súčasnosti kapacitu 773 miest čo predstavuje 255 miest pre obvinených vo výkone väzby, 365 miest pre odsúdených zaradených do stredného stupňa stráženia a 153 miest pre odsúdených v otvorenom oddelení zaradených v minimálnom stupni stráženia. Ústav zabezpečuje ochranu verejného poriadku a bezpečnosť 22 objektov súdov a prokuratúr na území Bratislavského samosprávneho kraja, takisto objektov Ministerstva spravodlivosti SR, Najvyššieho súdu SR, Najvyššieho správneho súdu SR a Súdnej rady.

Dôležitým poslaním ústavu je zákonné zabezpečovanie účelu výkonu väzby a výkonu trestu odňatia slobody. Ústav zabezpečuje výkon väzby v zmiernenom a štandardnom režime a výkon trestu odňatia slobody mužov v minimálnom stupni stráženia, strednom stupni stráženia a maximálnom stupni stráženia. Odsúdení v minimálnom stupni stráženia sú zaradení v otvorenom oddelení v Bratislave. V strednom stupni stráženia zabezpečujú vnútornú prevádzku v ústave s dohľadom a vonkajšie pracoviská mimo ústav s dozorom. Odsúdení v minimálnom a strednom stupni stráženia vykonávajú práce pre viac ako 30 zmluvných pracovísk.